1968 yılında Eskişehir’de doğan Naci GÜNDOĞAN, ilk ve orta tahsilini Eskişehir’de tamamlamıştır. 1986 yılında girdiği Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi’nden 1990 yılında mezun olmuştur. Aynı yıl Anadolu Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi’ne araştırma görevlisi olarak atanmıştır. 1993 yılında yüksek lisans ve 1996 yılında doktorasını tamamlamıştır. 2003 yılında “Sosyal Politika Doçenti” ünvanını alan GÜNDOĞAN, 2008 yılında da aynı fakültede profesör olmuştur.
Çeşitli dergilerde sosyal politika ve çalışma ekonomisi alanlarında yayınlanan makaleleri ve ulusal ve uluslararası kongrelerde sunulan tebliğleri bulunan GÜNDOĞAN; “Genç İşsizliği”, “Yoksulluğun Değişen Yüzü: Çalışan Yoksullar” ve “Çalışma Ekonomisi” kitaplarının da yazarıdır.
2008-2009 yılı bahar döneminde Amerika Birleşik Devletleri Cornell Üniversitesi’nde misafir öğretim üyesi olarak bulunan Naci GÜNDOĞAN, Kalkınma Bakanlığı, Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı, TÜBİTAK, YÖK, TOBB gibi birçok kurum tarafından hazırlanan projelerde görev almış ve 2000-2009 yılları arasında Eskişehir, Afyon ve Kütahya bölgesinde Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanlığı’na bağlı olarak “Resmi Arabuluculuk” yapmıştır.
2010 -2014 yılları arasında Anadolu Üniversitesi Rektör Yardımcılığı görevinde bulunan Naci GÜNDOĞAN, 22 Aralık 2013 tarihli Resmi Gazetede yayınlanan kararla Cumhurbaşkanı tarafından Anadolu Üniversitesi Rektörlüğüne atanmıştır. 2018 yılından bu yana YÖK'te yürütme kurulu üyesidir. Evli ve iki çocuk babasıdır.